Caniçal – A evolução da atividade portuária determinou a transformação do Porto do Funchal em terminal de cruzeiros abrindo espaço, assim, à transformação do terminal marítimo do Caniçal – que funcionava, desde 1995, apenas para descarga de graneis, cimento e cereal – no novo Porto Comercial do Caniçal. A partir de 27 de Outubro de 2005, todas as operações comerciais foram transferidas para este novo Porto.

Porto Santo – A atividade portuária no Porto Santo, salvo raras exceções, restringe-se a movimentações efetuadas pelos navios ao serviço da Porto Santo Line, empresa concessionária da linha de serviço público.